Marco Boni wurde 1960 in eine musikalische Familie geboren. Er studierte Horn und Cello am Konservatorium Milano und schloss das Cellostudium in der Klasse von Rocco Filippini ab. Schon bald danach wurde er als Solocelliste des Orchestra of the Teatro Communale in Bologna engagiert und wurde regelmäßig zu wichtigen internationalen Festivals als Solist eingeladen. Er trat gemeinsam mit Salvatore Accardo, Yuri Bashmet, Giuliano Carmignola, Bruno Canino, Bruno Giuranna, Paul Tortelier und Sándor Végh auf.

In den 1980er Jahren war Marco Boni Mitbegründer des Kammerorchesters „I Virtuosi Italiani“ und auch dessen Solocellist. Das Orchester spielte Konzerte in Italien, in der Schweiz, in Spanien und beim Turku Festival in Finnland; mit demselben Orchester wurde zum ersten Mal Nino Rotas Klavierkonzerte für den Label Chandos aufgenommen.

Im Jahr 1987 erneuerte und intensivierte er den Kontakt zu Sergiu Celibidache, der ihm bereits im Alter von 11 Jahren die Grundlagen des Orchesterdirigierens beigebracht hatte.

Als Marco Boni im Jahr 1994 nach einer Italientournee zum Ersten Dirigenten des Concertgebouw Kammerorchesters Amsterdam bestellt wurde, erfuhr seine Karriere eine bedeutende Wende. Diese Position hat er nach wie vor inne. Im selben Jahr gab er sein Debut mit dem Chor und Orchester des Maggio Musicale Fiorentino am Stadttheater Florenz und in diesem Jahr fand auch eine Italientournee mit dem Scottish Chamber Orchestra statt, die auch ein Konzert beim Rovereto Mozart Festival einschloss. Als regelmäßiger Gastdirigent einiger wichtiger europäischer Orchester hat er unter anderem auch eine Spanientournee mit dem North Netherlands Orchestra dirigiert.

Zahlreiche internationale Tourneen, die bis nach Japan geführt haben, hat er mit dem Concertgebouw Kammerorchester gemeinsam mit der Pianistin Maria João Pires unternommen.
Im Jahr 2005 wurde er zum Chefdirigenten der Wiener Kammersymphonie ernannt, mit der er ebenso (u.a. gemeinsam mit dem Cellisten Mischa Maisky) ausgedehnte Tourneen durch Europa unternommen hat.

Die Zusammenarbeit mit Maisky hat sich bis zum Jahr 2009 fortgesetzt und seine Aktivitäten als Dirigent ganz besonders in Italien verdichten sich laufend. Eines der letzten nennenswerten Projekte ist eine Zusammenarbeit mit der Wiener Kammeroper und dem Wiener KammerOrchester anlässlich des internationalen Kammeroperwettbewerbs „Fedora Award“, welcher in Verbania, Lago Maggiore, jährlich stattfindet.

Seine sehr aktive Karriere setzt Marco Boni auch im Jahr 2010 unter anderem mit einer Tournee in Spanien, zahlreichen Konzerten mit dem Concertgebouw Kammerorchester in den Niederlanden und seiner Zusammenarbeit mit einigen italienischen Orchestern (unter anderem Konzerte in Dänemark) und dem Wiener KammerOrchester fort.